La Educación Ambiental del Caserío del Henares se desarrolla en programas dirigidos a escolares, familias y público en general, trabajando también con diversos colectivos y grupos organizados, como asociaciones, AMPAS, fundaciones, empresas, residencias o grupos de personas con diversidad funcional.
Se realizan talleres, cursos y seminarios de temas relacionados con el medio ambiente y la conservación de las tradiciones, la interpretación del patrimonio, sendas interpretadas por los sotos y ribera del río Henares y actividades de huerto educativo.